دانشکده طب سنتی خود را وقف آموزش و گسترش تحقیقات طب سنتی، داروسازی سنتی، فرآورده‌های طبیعی، تاریخ و متون طب سنتی از طریق کشف و اشاعه دانش و آگاهی کرده است. مهم‌ترین وظیفه ما ارائه روش‌های پیشگیری بهداشتی و تغذیه‌ای و درمانی مبتنی بر اصول طب سنتی، از جمله اصول شش‌گانه ضروری و نگاهداشت تندرستی، و معرفی مداخلات بالینی طب سنتی و داروهای جدید با ویژگی‌هایی چون اثربخشی، ایمنی، عوارض سوء کمتر، مبتنی بودن بر شواهد و هزینه مناسب است.

ما از طریق تلاش در راه دستیابی به اهدافمان، متعهد به اجرای مأموریت‌های زیر هستیم:

• استفاده از به‌روزترین روش‌های آموزشی جهت تربیت متخصصانی خداباور، بااخلاق و متعهد در رشته‌های مربوطه.
• انجام تحقیقات با استفاده از منابع طب سنتی و طب طبیعی که در گسترش سلامت انسان نقش دارند. این تحقیقات از لحاظ اخلاقی و مطابق دستورالعمل‌های مربوط به سلامت و آسایش داوطلبان انجام می‌شوند.
• ایجاد محیطی مناسب و شفاف برای تحقیق، اکتشاف و مبادلات علمی و خردمندانه برای اعضای هیئت علمی، محققان، کارشناسان و کارکنان دانشکده.
• پیشگام شدن در حرکتی که به احیا، بهسازی و ادغام طب سنتی در نظام سلامت منجر می‌شود.
• جلب اطمینان مسئولان و عموم مردم از ارائه نتایج پژوهشی مطلوب با رعایت اصول علمی و اخلاقی.

بر اساس چشم‌انداز، بیانیه رسالت و اهداف، این دانشکده فعالیت‌های خود را بر دو محور استوار نموده است:

محور اول: ترویج استفاده منطقی از طب سنتی

ایجاد فرهنگ استفاده منطقی از طب سنتی و فرآورده‌های طبیعی (Rational Use) از طریق ارائه مقالات و چاپ کتاب‌های مرتبط.

محور دوم: پژوهش‌های اولویت‌محور

تدوین محورهای تحقیقاتی مبتنی بر نیازها و اولویت‌های ملی.

• ارتقای نقش دانشکده در تدوین سیاست‌ها و استراتژی‌های ملی در زمینه طب سنتی.
• توسعه مدیریت منابع انسانی.
• توسعه کمی و کیفی تحقیقات و فناوری.
• نهادینه‌کردن به‌کارگیری نتایج تحقیقات در ارائه خدمات بالینی.
• حمایت از پژوهشگران ممتاز.
• جلب حمایت همه‌جانبه مؤسسات و نهادهای خیریه و غیردولتی ملی و جهانی.
• توسعه نظام مدیریت اطلاعات و فناوری.
• استقرار نظام تخصیص منابع مبتنی بر اولویت‌های دانشکده.
• توسعه ارتباطات بین‌المللی و کسب اعتبار از مؤسسات معتبر جهانی.